To tiår siden ble innbyggerne i Innsmouth samlet av den amerikanske regjeringen og sendt til et ørkenfengsel, langt fra havet, deres forfedre, og den sovende gud, Cthulhu. Bare Aphra og Caleb Marsh overlevde leirene, og de kom ut uten hverken fortid eller fremtid. Nå, i 1949, trenger regjeringen som stjal Aphras liv hennes hjelp igjen. FBI-agent Ron Spector har mistanker om at kommunistiske spioner har stjålet farlige magiske hemmeligheter fra Miskatonic University - hemmeligheter som kan forvandle den kalde krigen til en varm konflikt og fremskynde menneskehetens undergang. For å kunne hjelpe må Aphra reise tilbake til ruinene av sitt tidligere hjem, samle brikkene av sin stjålne historie, og danne en ny familie for å møte de mørkeste sidene av menneskelig politikk og de villeste farene fra et likegyldig univers.