Den ni år gamle Bruno har ingen forståelse av den endelige løsningen og Holocaust. Alt endrer seg når han møter Shmuel, en gutt som lever et merkelig parallelt liv på den andre siden av det adskilte gjerdet, hvor han, i likhet med de andre, bærer en uniform av stripete pysjamas. Brunos vennskap med Shmuel fører ham fra uskyld til en dypere forståelse av virkeligheten rundt dem.