Over to hundre år har gått siden Japan ble ødelagt av atomkrig. Øya, nå avskåret fra verden, har utviklet seg til et sted fylt med frykt og mysterier. Her finnes underverker av vitenskap som mange mener bør glemmes, monumenter til en svunnen tid preget av menneskelig forfall, og stråleskadde monstre som er klare til å angripe enhver uheldig sjel som våger seg dit. I denne skremmende settingen befinner vi oss med Leon, en fransk leiesoldat som, etter å ha blitt revet bort fra familien sin og feilaktig dømt, er på vei mot Japan i et frakfly. Sammen med andre fanger får han ett år på seg til å finne et mektig våpen fra fortiden – kjent bare under kodenavnet TORATSUGUMI – i bytte mot sin frihet. Men hva er egentlig naturen til dette våpenet, og hva er forbindelsen mellom det og den klørbare, halv-menneskelige jenta som swooper inn for å redde Leon?
