Livet som nyinnflyttet elev er ikke enkelt – noe Minato Arisato, den nyeste eleven ved Gekkoukan High School, kan vitne om. Med nye omgivelser og ukjente ansikter rundt seg, må Minato også håndtere et uvanlig fenomen: Skolen hans forvandles til et mørkt tårn fylt med skygger, kjent som Tartarus, hver natt under den såkalte 'Dark Hour'. Sammen med to av sine nye venner, Yukari og Junpei, begir Minato seg ut på en oppdagelsesferd for å utforske Tartarus og avdekke mysteriene som omgir denne merkelige hendelsen. Men vil tre videregående studenter med begrenset kamperfaring ha mulighet til å overvinne tårnets skrekk og de utfordringene som venter dem?
