I 'Persona 3 Volume 3' får vi følge Minato, Mitsuru, Akihiko og resten av gruppen i den Specialized Extracurricular Execution Squad (S.E.E.S.) når de tar på seg ansvaret med å bekjempe trusselen fra Tartarus og de skumle Skyggene som finnes der. Situasjonen blir kritisk når de oppdager at den stille og beskjeden Fuuka kan ha blitt fanget i Tartarus under den mørke timen. I et forsøk på å redde henne setter de i gang en desperat redningsaksjon. Men vil de klare å nå Fuuka i tide for å redde henne fra denne farlige situasjonen?
