Verdenlinjene skifter, og Rintaro Okabe våkner brått opp i fremtiden. Året er 2036, og landskapet han møter ser akkurat ut som han har blitt advart om; en dyster verden fylt med død og ødeleggelse. Etter å ha vært vitne til denne dystre skjebnen, står Rintaro støtt og skjerper hjertet, fast bestemt på å sette en stopper for dette framtidige marerittet en gang for alle. Heltene fra Steins;Gate er tilbake i en ny tidsreise-historie, plassert i en alternativ virkelighet der medlemmene av Future Gadget Lab mislyktes i sitt opprinnelige oppdrag. Kan en siste mulighet føre til en lykkelig slutt?
