I etterkrigstiden utviklet de allierte kommandoene i Japan en ny etat for å håndtere terrorisme og vold i Stillehavsregionen. Denne etaten, bemannet av ninjaer, fikk i oppgave å håndtere innenrikspolitiske saker. Med tiden vokste programmet til å omfatte hele 20,000 ninjaer som nå administrerer et bredt spekter av innenlandske og internasjonale affærer. Blant dem finner vi Kudo, en sytten år gammel high school-elev som har slitt med å finne sin plass i tilværelsen. Nå står han på kanten av å bli den neste forsvarslinjen mot en potensiell bølge av utenlandske leiemordere som truer med å invadere Tokyo.
