På eiendommen Misselthwaite, som tilhører hennes onkel Archibald nær Yorkshire-moene, oppdager den ni år gamle Mary Lennox en lukket hage som har vært stengt i mange år. Den hemmelige hagen viser seg å være til stor nytte, ikke bare for Mary, men også for hennes syke fetter Colin. Med kjærlighet og omsorg blir den hemmelige hagen et sted for helbredelse og vekst, hvor både Mary og Colin finner styrke og håp i hverandres selskap, og opplever transformasjoner som forandrer livene deres for alltid.