I årene før den meksikanske revolusjonen er Mexico styrt av en liten elite som imiterer europeisk kultur, berikes av utenlandske investeringer og verdsetter rasebeskyttelse. Den store majoriteten av meksikanere, som er innfødte eller av blandet innfødt og spansk blod, er politisk maktesløse og lider av sult. På toppen av dette korrupte systemet står Don Porfirio Díaz, den hensynsløse og gåtefulle presidenten i Republikken. "The City of Palaces" begynner i en fengsel i Mexico by, hvor vi møter Miguel Sarmiento og Alicia Gavilán. Miguel er en prinsippfast ung lege, som nettopp er kommet tilbake fra Europa, men plages av skyldfølelse for en forbrytelse han begikk som medisinstudent for ti år siden. Alicia er den ugifte datteren til en aristokratisk familie. Merket av kopper har hun viet seg til å hjelpe byens trengende. Dette usannsynlige paret – han, en vitenskapsmann og ateist, og hun, en dedikert kristen – gifter seg. Gjennom deres øyne og øynene til deres unge sønn, José, utforskes de komplekse sosiale og politiske realitetene i en tid preget av uro og endring.
