I «Flying Witch 2» følger vi Makoto som drar til en lokal kirsebærblomstringfestival. Der møter hun en person med et uoppgjort spørsmål knyttet til hennes søster, Akane. Når Akane plutselig dukker opp, deler hun sine kunnskaper med Makoto om flyvning og enkle trylleformler. Vår unge kusine Chinatsu blir så fascinert av heksernes talenter at hun kommer med en uventet forespørsel som setter i gang et nytt eventyr.
