Tretti år etter at gudene forvandlet Tokyo til ruiner, legger overlevende ut på en tilsynelatende umulig oppgave – hvordan dreper man en gud? Japan har blitt invadert av guder, og de har etterlatt seg intet annet enn død og ødeleggelse. Med hele byer nå klassifisert som ubeboelige fareområder, er Anti-Gud-forskeren Sachiyuki Tokinaga fast besluttet på å finne en måte å beseire gudene og redde menneskeheten. Når en tilfeldighet fører ham til tenåringen Waka Kamikura, kan de to ende opp med å endre verdens skjebne for alltid. Etter Wakas skremmende demonstrasjon av kraft, har Tokinaga ikke noe annet valg enn å sedere henne og ta henne med tilbake til Anti-Gud forskningsinstituttet for avhør. Waka hevder hun er bundet til å drepe gudene, men med blikk som hennes, hvordan kan hun overhodet stole på? Det viser seg at Waka ikke er den eneste med hemmeligheter. Instituttet har utviklet sine egne våpen mot gudene, og med mindre Waka kan stå imot dem, kan det hende hun ikke overlever lenge nok til å bevise sin uskyld.
