Tretti år etter at gudene ødela Tokyo, legger overlevende ut på en tilsynelatende umulig reise for å besvare et spørsmål: Hvordan dreper man en gud? Japan har blitt invadert av guder som etterlot seg kun død og ødeleggelse. Med hele byer klassifisert som ubeboelige fareområder, er Anti-Gud-forsker Sachiyuki Tokinaga fast bestemt på å finne en måte å bekjempe gudene på for å redde menneskeheten. Når tilfeldigheten fører ham mot high school-eleven Waka Kamikura, kan de to ende opp med å forandre verdens skjebne for alltid. Like når Waka begynner å finne sin plass i Anti-Gud-forskningsinstituttet, blir hun og de andre forskerne angrepet av en massiv slangegud, og Waka blir kidnappet! Dratt bort av gudenes disipler, oppdager hun at en faktisk gud lever inni henne – en som hun overhodet ikke har kontroll over. I mellomtiden svømmer Tokinaga i skyldfølelse over liv som gikk tapt under angrepet, og hans romkamerat Obikawa prøver sitt beste for å oppmuntre ham, men Tokinaga begynner å føle presset av det som har skjedd.
