I en verden der det utradisjonelle møter det ukjente, befinner de uheldige elevene i klasse 3-E seg med en lærer som er alt annet enn vanlig. Koro Sensei, en smilende, blekksprutfjes med underlige superkrefter, tar på seg et usedvanlig oppdrag: han har allerede sprengt månen og truer nå med å gjøre det samme med jorden om ikke han får undervise denne remedial klassen i ett år. Elevene har en sjanse til å stoppe ham – dersom de klarer å ta livet av ham. Og som en ekstra motivasjon lover han en betydelig pengesum fra forsvarsdepartementet til den som lykkes. Nå står elevene i klasse 3-E mellom jorden og dens undergang! Bli kjent med de uventede leiemorderne: Sugino, som havnet på bunn av klasselisten og mistet plassen på baseballaget; Karma, som klarer seg bra akademisk, men hele tiden blir utestengt for slåssing; og Okuda, som mangler selvtillit. Hvordan vil denne uvanlige klassen håndtere den absurde utfordringen som er kastet mot dem?
