Kan detektiv Conan løse saken... mens han er fanget i en barnekropp? Jimmy Kudo, sønnen til en verdensberømt krimforfatter, er en videregående skoledetektiv som har oppklart de mest forvirrende tilfeller. En dag, under en date med barndomsvenninnen Rachel Moore, observerer Jimmy en gruppe menn i svart som driver med mistenkelig virksomhet. Disse mennene fanger Jimmy og gir ham et giftig stoff for å eliminere vitnet. Men i stedet for å drepe ham, forvandler det ham til en liten gutt! Jimmy tar på seg psevdonymet Conan Edogawa og fortsetter å løse alle de vanskelige sakene som dukker opp. Samtidig leter han etter mennene i svart og den mystiske organisasjonen de tilhører for å finne en kur for sin tilstand. Conan er usikker på om han skal stole på Jodie Saintemillion, den amerikanske læreren som har en tilsynelatende fjollete blond utstråling, men som skjuler en beregnende hjerne. Når en buss blir kapret av desperate kriminelle, viser det seg at Ms. Saintemillion er smartere enn Conan noen gang har forestilt seg.
