Er det mulig for detektiven Conan å løse saker mens han er fanget i kroppen til en liten gutt? Jimmy Kudo, sønnen til en verdenskjent krimforfatter, er en talentfull videregående detektiv som har løst flere av de mest kompliserte mysteriene. En dag, mens han er på date med barndomsvenninnen Rachel Moore, blir han vitne til mistenkelige aktiviteter fra en gruppe menn i svart. Situasjonen tar en dramatisk vending når mennene fanger Jimmy og gir ham et giftig stoff ment for å eliminere vitner. I stedet for å ta livet av ham, forvandler det ham til en liten gutt! Jimmy tar på seg pseudonymet Conan Edogawa og fortsetter sitt arbeid med å løse de mest utfordrende sakene som kommer hans vei. Samtidig er han på jakt etter mennene i svart og den mystiske organisasjonen de tilhører, i håp om å finne en kur for sin forminskede tilstand. En brutal mord skjer på et museum, hvor en skremmende scene fra et maleri gjenopprettes. Senere er mennene i svart tilbake! Vil Conan være i stand til å finne løsningen som kan hjelpe ham å gjenvinne sin opprinnelige kropp? I tillegg finner Conans venner fra barneskolen et skattekart, men vil dette kun føre dem til flere problemer?
