Kan detektiv Conan løse saken...mens han er fanget i en barnekropp? Jimmy Kudo, sønnen til en verdenskjent krimforfatter, er en videregående elev og detektiv som har løst de mest gåtefulle saker. En dag, mens han er på date med barndomsvenninnen Rachel Moore, observerer Jimmy et par menn i svart som er involvert i tvilsomme aktiviteter. Mennene fanger Jimmy og gir ham et giftig stoff for å fjerne et vitne. Men i stedet for å drepe ham, forvandler det ham til en liten gutt! Jimmy tar til navnet Conan Edogawa og fortsetter å løse alle de vanskelige sakene som kommer hans vei. Samtidig leter han etter mennene i svart og den mystiske organisasjonen de tilhører, i håp om å finne en kur for sin mini-problematikk. En brutal morder med ansiktet dekket av bandasje er på frifot. Vil Conan klare å fange ham før han slår til igjen? Og senere ønsker vennene Conan, Rachel og Serena å slappe av, men de får mer enn de har bedt om når de oppdager et mord.
