Kan det virkelig stemme at detektiven Conan kan løse saker, selv om han er fanget i en barns kropp? Jimmy Kudo, sønnen til en verdenskjent krimforfatter, er en high school-detektiv kjent for å oppklare de mest mysteriske sakene. En dag, mens han er ute på date med barndomsvenninnen sin, Rachel Moore, blir han vitne til en mistenkelig aktivitet fra et par menn i svart. De fanger Jimmy og gir ham et giftig stoff ment for å eliminere et vitne. I stedet for å ta livet av ham, forvandler stoffet ham til en liten gutt! Nå tar han på seg pseudonymet Conan Edogawa og fortsetter å oppklare alle vanskelige saker han møter. Samtidig er han på jakt etter mennene i svart og den mystiske organisasjonen de er knyttet til, i håp om å finne en kur for sin lille, uheldige tilstand. I en spennende vending blir Conan og vennene hans strandet i skogen og søker tilflukt i et skummelt gammelt hus—bare for å være vitne til et tilsynelatende overnaturlig mord. Den knivbevæpnede gamle damen som bor der, kan umulig være en heks... eller kan hun være det? Slik finner Conan også en ledetråd i sin pågående etterforskning av Eisuke.
