Kan Detektiv Conan løse saken... mens han er fanget i kroppen til et barn? Jimmy Kudo, sønnen av en verdenskjent mysterieforfatter, er en videregående skoledetektiv som har løst de mest bafflende saker. En dag, mens han er ute på date med barndomsvenninnen Rachel Moore, observerer Jimmy en gruppe menn kledd i svart som driver med suspekte aktiviteter. Mennene fanger Jimmy og gir ham et giftig stoff for å eliminere vitnet deres. Men i stedet for å drepe ham, forvandler det ham til en liten gutt! Jimmy tar på seg pseudonymet Conan Edogawa og fortsetter å løse alle de vanskelige sakene som kommer hans vei. Samtidig leter han etter mennene i svart og den mystiske organisasjonen de tilhører for å finne en kur for sin miniaturetilstand. Det er Conan mot den mystiske tyven! Hvem er denne maskerede mannen? Og hvorfor vet han hva som er Conans sanne identitet? Senere fører en etterforskning av et utroskap til blodig mord. I tillegg bestemmer Conans venner fra barneskolen seg for å bli superdetektiver når de danner sitt eget detektivteam.
