Kan det virkelig stemme at detektiv Conan kan løse saken... mens han er fanget i kroppen til et barn? Jimmy Kudo, sønn av en verdensberømt krimforfatter, er en high school-detektiv som har løst de mest bafflende sakene. Under en date med barndomsvenninnen Rachel Moore, observerer Jimmy en gruppe menn i svart som driver med mistenkelige aktiviteter. Disse mennene fangar Jimmy og gir ham et giftig stoff for å eliminere vitnet sitt. Men i stedet for å ta livet av ham, forvandler det ham til en liten gutt! Jimmy tar på seg pseudonymet Conan Edogawa og fortsetter å løse alle de vanskelige sakene som kommer i hans vei. Samtidig leter han etter mennene i svart og den mystiske organisasjonen de tilhører, i håp om å finne en kur for sin barneaktige tilstand. I mellomtiden etterforsker Metropolitan Police en stalking-sak som utvikler seg til mord... og detektiv Santos føler en merkelig tilknytning til offerets kjæreste. Kan hun være hans halvmemoryerte første kjærlighet, en jente som elsket kirsebærblomster? Eller er hun morderen? Så følger vi detektiven...
