Kan Detektiv Conan løse saken... mens han er fanget i kroppen til et barn? Jimmy Kudo, sønnen til en verdenskjent kriminalforfatter, er en ungdomsdetektiv som har løst de mest gåtefulle sakene. En dag, mens han er på date med barndomskjæresten Rachel Moore, observerer Jimmy en gruppe menn i svart som er involvert i suspekt virksomhet. Mennene fanger Jimmy og gir ham et giftstoff for å eliminere en vitne. Men i stedet for å drepe ham, forvandler det ham til en liten gutt! Jimmy tar til seg pseudonymet Conan Edogawa og fortsetter å løse alle de utfordrende sakene som kommer hans vei. Samtidig leter han etter mennene i svart og den mystiske organisasjonen de tilhører, i håp om å finne en kur for sin minimalt store lidelse. Etter et anonymt tips reiser Richard Moore til et avsidesliggende vertshus for å fange en morder. I stedet finner han bevis for elve-monstre! Conan er overbevist om at morderen er altfor menneskelig, men så ser Rachel en av de legendariske skapningene med sine egne øyne... Deretter besøker Conan et varmt kilder.
