Kan detektiv Conan løse saken… mens han er fanget i kroppen til et barn? Jimmy Kudo, sønnen til en verdenskjent krimforfatter, er en gymnasiestudent med det utrolige talentet for å løse ofte komplekse mysterier. En dag, mens han er på date med barndomsvenninnen Rachel Moore, oppdager Jimmy to menn i sort som er involvert i tvilsomme aktiviteter. Disse mennene fanger Jimmy og gir ham en giftig substans designet for å eliminere vitner. I stedet for å ta livet av ham, forvandler giften ham til et lite barn! Jimmy inntar pseudonymet Conan Edogawa og fortsätter å løse de vanskeligste sakene som kommer hans vei. Samtidig er han på jakt etter mennene i sort og den mystiske organisasjonen de er knyttet til, i håp om å finne en kur for sin uvanlige tilstand. På en avsidesliggende øy mottar han en jobbforespørsel fra en pianist som har vært død i over 10 år. Kan Conan avdekke hemmeligheten bak det forbannede pianot? Senere dukker en mystisk kvinne opp og påstår at hun er Jimmys kjæreste, men problemet er at Conan aldri har sett henne før i sitt liv!
