Kan Detektiv Conan løse saken... mens han er fanget i en barns kropp? Jimmy Kudo, sønnen til en verdensberømt krimforfatter, er en talentfull ungdomsdetektiv som har løst de mest komplekse mysteriene. En dag, under en date med sin barndomsvenninne Rachel Moore, blir Jimmy vitne til et mistenkelig samarbeid mellom to menn i svart som er involvert i tvilsomme aktiviteter. Men situasjonen tar en dramatisk vending når mennene fanger Jimmy og gir ham et giftstoff ment for å eliminere vitner. I stedet for å ta livet av ham, forvandler det ham til en liten gutt! Jimmy antar pseudonymet Conan Edogawa og fortsetter sin jakt på å løse utfordrende saker. Samtidig er han besatt av å finne mennene i svart og den mystiske organisasjonen de tilhører for å finne en kur for sin lille kropp. I detektivbyrået står Rachel og Serena overfor en bombemann med en besynderlig forespørsel. Conan og Junior Detective League må også handle raskt for å redde Doc Agatha fra kidnappere med et overraskende mål. I mellomtiden besøker Harley og Kazuha Conan og Rachel i Tokyo, noe som fører til nye eventyr og utfordringer.
