Kan detektiv Conan løse saken... mens han er fanget i en barnekropp? Den talentfulle videregående detektiven Jimmy Kudo får servert et mystisk stoff av en gruppe skumle menn i svart—borte vekk! Han blir fysisk forvandlet til en førsteklassing. Inntil Jimmy finner en kur for sin miniaturetilstand, tar han på seg pseudonymet Conan Edogawa og fortsetter å løse alle sakene som kommer hans vei. Ved å se tilbake i tid får vi være med når Jimmy Kudo etterforsker et mord på et akvarium—og oppdager at noe er fishe med Rachel—i en av sine største saker. Samtidig legger Junior Detective League ut på et dristig eventyr med en drage—rett inn i faren! I mellomtiden viser Amuro, også kjent som Bourbon, en bemerkelsesverdig evne til å dukke opp akkurat der Conan ikke ønsker ham. De to utveksler kløkt over et giftig teselskap, før de går for ekstra poeng ved å etterforske et drapsforsøk på en skolelærer. Conan mistenker at den sjarmerende, men dødelige mannen i svart ikke er helt som han gir seg ut for å være...
