Kan detekiv Conan løse saken... mens han er fanget i kroppen til et barn? Da den dyktige high school-detektiven Jimmy Kudo blir utsatt for et mystisk stoff av en gruppe skumle menn i svart, skjer det utrolige: han blir fysisk forvandlet til en førsteklassing. Inntil Jimmy finner en kur for sin mini-malady, tar han ondsinnet på seg pseudonymet Conan Edogawa og fortsetter å løse alle sakene som kommer hans vei. Et av Conans mest hemmelige hemmeligheter står nå i fare for å bli avdekket! Både FBI og de sultne mennene i svart er på sporet av sannheten, og konflikten kulminerer i et møte mellom to mystiske figurer: Amuro, mannen i svart med kodenavnet Bourbon, og Subaru, den beskjedne studenten med overraskende deduksjonsevner. Samtidig blir offiser Yumi kidnappet av en kriminell som etterlater seg en rekke ledetråder kodet i shogi-brikker. Conan og shogi-mester Shukichi må utvikle en vinnende strategi for å redde henne før tiden renner ut i deres livsfarlige oppgjør!
