Kan Detektiv Conan løse saken... mens han er fanget i kroppen til et barn? Den talentfulle videregående detektiven Jimmy Kudo får i seg et mystisk stoff fra en gruppe skumle menn i svart, og plutselig er han fysisk omformet til en førsteklassing. I påvente av å finne en kur for sin mini-malady, tar Jimmy på seg pseudonymet Conan Edogawa og fortsetter å løse alle sakene som dukker opp. Når en arvtagerske dør i hotellets basseng, er Conan og Sera raskt på stedet for å avdekke sannheten. Senere blir en manusforfatter funnet død i en situasjon som kunne vært hentet rett fra ett av hennes egne mysterie-manus. I løpet av denne tiden etterforsker Conan og Harley et mytisk beist som ser ut til å begå svært ekte mord. Samtidig forsøker Conan å lære mer om Rum, den høytstående mannen i svart, som er like hemmelighetsfull som han er farlig. Det er også spørsmålet om den merkelige lille jenta som overvåker Conan og vennene hans på avstand. Med disse mystiske truslene i skjul, hvordan kan Conan klare å holde fokus på sakene sine?
