Kan detektiv Conan løse saken mens han er fanget i en barns kropp? Jimmy Kudo, sønnen til en verdensberømt krimforfatter, er en videregående skole-detektiv kjent for å løse de mest gåtefulle tilfellene. Under en date med sin barndomsvenninne, Rachel Moore, blir han vitne til en mistenkelig aktivitet utført av en gruppe menn kledd i svart. Målet deres er å eliminere vitner, og de fanger Jimmy for å gi ham et giftig stoff. I stedet for å ta livet av ham, forvandler dette stoffet ham til en liten gutt! Jimmy tar på seg pseudonymet Conan Edogawa og fortsetter å løse krevende saker, samtidig som han er på jakt etter mennene i svart og den mystiske organisasjonen de tilhører, for å finne en kur for sin mini-maladi. Når Junior Detective League går i aksjon, skjer det dramatiske ting. Mens de leker søken, oppdager førsteklassingen Amy et avkappet hode. Vil Conan og vennene hans klare å redde Amy fra en seriemorder? Og når Richard Moore deltar på et gjenforeningsarrangement med sine gamle studiekamerater, ender det hele med en dødelig overraskelse.
