Kan detektiv Conan løse saken mens han er fanget i kroppen til et barn? Når den strålende ungdomsdetektiven Jimmy Kudo blir utsatt for en mystisk substans av en duo med illusoriske menn kledd i svart, skjer det en uventet forvandling – han blir fysisk omgjort til en førsteklassing. Inntil Jimmy finner en kur for denne miniature tilstanden, tar han på seg pseudonymet Conan Edogawa og gir seg ut for å løse alle de sakene som kommer hans vei. I 'Fly Me to the Moonstone' blir en mann drept i et sammenbrudd, og hans dødsmelding peker mot et mytisk monster. Men Conan og Harley er overbevist om at det ikke er noe overnaturlig involvert, og at drapet er resultatet av en menneskelig morder. Deretter retter Kaito Kid blikket mot en spesiell boks som inneholder verdens største månestenen, og det blir opp til Conan å stoppe mestertyven fra å glide ut i natten med sin bytte. Samtidig når Rachel og vennene hennes går på jakt etter badetøy, blir deres bikini-montasje avbrutt av et drap i et prøverom! I mellomtiden får Conans klasse en ny lærer. Ms. Wakasa virker hyggelig, om enn litt klumsete, men skjuler hun mer enn det som er synlig ved første øyekast?
