Kan detektiv Conan løse saken… samtidig som han er fanget i en barns kropp? Når den dyktige videregående detektiven Jimmy Kudo blir utsatt for et mystisk stoff av en gruppe skumle menn i svarte dresser, blir han plutselig fysisk forvandlet til en første klassing. I påvente av å finne en kur for sin miniatyrtilstand, tar Jimmy på seg psevdonymet Conan Edogawa og fortsetter å løse alle saker som kommer hans vei. Mens Conan leter etter Rum, nestkommanderende av mennene i svart, ser mistenksomme skikkelser ut til å være overalt. Hvem er den mystiske kunden som hjelper Conan og Harley med å løse et drapsforsøk på Café Poirot? Hvorfor forfølges Rachels mor av maskerede menn på sitt advokatkontor? Og hva med Conans nye lærervikar, Ms. Wakasa, som tilsynelatende virker clueless, men som viser seg å være smartere – for ikke å nevne flinkere til å takle kriminelle som truer hennes elever – enn man først skulle tro? Conan kan kanskje løse hver kriminell gåte og knuse alle koder som kommer hans vei, men noen hemmeligheter er mer utfordrende enn selv en detektivs ferdigheter skulle klare å avdekke...
