I "Children of the Sea, Vol. 2" følger vi Ruka, en ung jente som har et spesielt bånd til havet etter å ha sett et spøkelse i vannet i akvariet der faren hennes jobber. Nå føler hun en uimotståelig dragning mot akvariet og de to gåtefulle guttene, Umi og Sora, som hun møter der. Begge har en unik forbindelse til havet, da de ble oppdratt av dugonger og opplever de merkelige lydene fra sjøen, akkurat som Ruka. Historien tar en dramatisk vending når vi får vite om Jim, en mann som for 40 år siden møtte en annen ung gutt med de samme kreftene som Umi og Sora. Etter at han mistet gutten, har Jim brukt livet sitt på å lete etter andre barn med samme mystiske tilknytning til havet. Anglade, en briljant forsker som en gang var Jims kollega, frister Sora bort fra Ruka med løfter om svar, noe som etterlater Umi i en dyp depresjon. Ruka må ta på seg oppgaven med å hjelpe vennen sin med å finne broren, men tiden renner ut, og kampene mot både fortiden og naturen blir mer intense.
