I denne post-apokalyptiske fantasiverden oppslukes alt av en endeløs sanddyne som bærer på hemmeligheter fra fortiden. Flytende på denne sandhavet finner vi Mud Whale, en magisk, leirfylt øyby som huser en liten samfunn som kjemper for å overleve, adskilt fra sin egen historie av fortidens skygger. Det er år 93 av Sand Exil, men konsekvensene av den kalendermarkeringen begynner først nå å gå opp for Chakuro. Den allierte imperiet har sendt soldater som, uten forvarsel, har fått ordre om å utslette alle «kriminelle» fra Mud Whale! Eldrerådet er klar over hva som foregår, men nekter å dele sine kunnskaper med den unge Marked, en av øyens innbyggere. I sin frykt for imperiet foretrekker de at Mud Whale synker til bunns i Sandhavet fremfor å la folket bli offer for deres grusomheter.