I D.Gray-man, Vol. 1 møter vi Allen Walker, en 15 år gammel gutt med en forbannelse som han må bruke til menneskehetens beste. Handlingen utspiller seg i et fiktivt 1800-tall i England, der Allen søker etter det mystiske stoffet kalt Innocence, som er avgjørende for kampen mot demonene kjent som akuma. Etter den store flommen har Innocence blitt spredt for alle vinder, og Allen er fast bestemt på å samle denne materien, som brukes til å lage kraftige våpen mot akuma. Som en naturlig eksorsist bærer Allen et kors på sin venstre hånd, et symbol på hans krefter og hans forpliktelse til å bekjempe ondskap. Men hans evner går dypere enn som så; han kan også se akuma gjemt i menneskesjeler. Sammen med sine medeksoresister, som kjemper under den mystiske organisasjonen Black Order, leder Allen kampen mot Millennium Earl, en ondskapsfull skikkelse som truer menneskehetens eksistens. I denne spennende fortellingen om mot, vennskap og kampen mellom godt og ondt, opplever vi Allens reise i en verden fylt med shadow forces.
