I en post-apokalyptisk verden av overlevelse befinner vi oss i et surrealistisk fengsel bygget på ruinene av Tokyo. Ganta Igarashi, en mellomskoleelev, har blitt uskyldig dømt for de brutale mordene på sine klassekamerater av den mystiske Røde Mannen. Som straff får han dødsdom og sendes til det merkelige og dødelige temaparken/fengselet som er oppstått fra ruinene av det store jordskjelvet i Tokyo - et helvete på jorden kjent som "Deadman Wonderland." Til tross for tapet av lederen sin, klarer Scar Chain å beseire Undertakers og rømme, men Ganta og Shiro velger å bli igjen og kjempe videre. Tamaki, den psykotiske mastermind bak Deadman Wonderland, setter i gang sin neste plan - utviklingen og utrullingen av Ninben, kunstig skapte Deadmen. Gantas venn Azami blir en av hans første testsubjekter!
