Forestill deg å våkne opp til en verden hvor hvert eneste menneske er blitt mystisk forvandlet til stein. En skjebnesvanger dag ble hele menneskeheten til stein. Mange tusen år senere våkner Taiju etter petrifikasjonen og finner seg selv omringet av statuer. Situasjonen ser dyster ut, inntil han tilfeldigvis møter sin vitenskapsglade venn, Senku! Sammen planlegger de å gjenopplive sivilisasjonen ved hjelp av vitenskapens kraft. Nå står de overfor en avgjørende konfrontasjon med den ubarmhjertige Stanley! Kongeriket for vitenskap er i ferd med å tape kampen, men de har én desperat strategi igjen – de planlegger å aktivere Medusa-enheten! Etter hvert som tapene øker, vil Senku og vennene kunne overlate skjebnen sin til den truende lyset fra denne mekanismen?
