Forestill deg å våkne opp i en verden der hele menneskeheten på mystisk vis er blitt forvandlet til stein. En skjebnesvanger dag ble alle mennesker til stein, og mange tusen år senere våkner Taiju fra petrifikasjonen. Men han finner seg selv omgitt av statuer i en død verden. Situasjonen ser dyster ut, helt til han møter sin vitenskapelig interesserte venn Senku! Sammen legger de en plan for å gjenopprette sivilisasjonen ved hjelp av vitenskapens kraft. For å finne ut mer om Why-Mans posisjon, bygger Kingdom of Science et bilde-immunanlegg. Selv om de opplever mange fiaskoer med rakettoppskytningene, er Senku og Xeno fast bestemte på å få det til å lykkes! Samtidig jobber Chrome og Suika hardt med sitt hemmelige prosjekt for å sikre en trygg retur for alle astronautene på månemisjonen.
