Tenk deg å våkne opp i en verden der hele menneskeheten mysterisk har blitt forvandlet til stein. På en skjebnesvanger dag ble alle mennesker forsteinet. Mange tusen år senere klarer Taiju å befri seg fra denne forsteningen, men han finner seg selv omringet av katastrofale statue-lignende former. Situasjonen ser kritisk ut – helt til han møter sin vitenskapsglade venn, Senku! Sammen legger de planer for å gjenoppbygge sivilisasjonen ved hjelp av vitenskapens krefter. Senkus far, astronauten Byakuya, kom tilbake til Jorden kort tid etter menneskehetens forvandling. Hva etterlot han seg for sin sønn å oppdage tusenvis av år senere? I mellomtiden må Senku og landsbyboerne forholde seg til angrep fra Tsukasa-imperiet. Den prekære situasjonen krever drastiske tiltak, så de setter i gang arbeidet med sitt kraftigste våpen hittil...
