I denne samleutgaven av en av de bestselgende manga-seriene gjennom tidene, følger vi brødrene Edward og Alphonse Elric i deres dramatiske reise. Etter et alkemisk rituale som går fryktelig galt, mister Edward både armene og bena, mens Alphonse forvandles til en sjel fanget i en rustning. Med sine mekaniske 'auto-mail'-lemmer, blir Edward en statlig alkemist, på jakt etter den legendariske Filosoferens Stein – det eneste som kan gjenopprette kroppene deres. Handlingen nærmer seg en skjebnesvanger avslutning, ettersom Elric-brødrene oppdager homunculienes skjulte plan om å forvandle hele Amestris til et alkemisk blodbad på den fryktede 'Dommedagsdagen.' Selv om de fristes til å bruke den åpne portalen for å gjenvinne sine kroppsdeler, jobber de for øyeblikket sammen med andre som har fått kjennskap til den grusomme planen, for å motsette seg det homunculi-korrupte militæret. Mens Al lærer hemmeligheten bak homunculienes opprinnelse fra sin far, slår Ed seg sammen med en kjent homunculus som begynner å vise tegn til samvittighet.
