Å bryte naturens lover er en alvorlig forbrytelse! I et alkemisk rituale som gikk galt, mistet Edward Elric både armen og beinet sitt, mens broren Alphonse ble redusert til ingenting annet enn en sjel fanget i en rustning. Med mekaniske "auto-mail" lemmer blir Edward statlig alkemist, på jakt etter den ene tingen som kan gjenopprette både sine egne og brorens kropper... den legendariske Filosofens Stein. Ed og Al står ansikt til ansikt med 'faren' til homunculi, som for øvrig er en prikk like sønn til deres egen far, Van Hohenheim – en likhet som er for slående til å være tilfeldig. Senere, når fristelsen av udødelighet blir for mye for prins Lin av Xin, lar han Greed ta over... bokstavelig talt!
