Å bryte naturens lover er en alvorlig forbrytelse! I et alkemisk rituale som gikk galt, mistet Edward Elric både arm og bein, mens hans bror Alphonse ble redusert til ingenting annet enn en sjel i en rustning. Utstyrt med mekaniske 'auto-mail'-lemmer, blir Edward en statsalkemist på leting etter den ene tingen som kan gjenopprette både hans og brors kropp – den legendariske Filosoferens Stein. Automail-ingeniøren Winry blir kidnappet og holdt som gissel for å tvinge Edward til å følge hennes fangens ordre. Samtidig oppdager Hawkeye den urovekkende sannheten om president Bradleys sønn. Vår helter opplever både heldige og uheldige gjenforeninger med gamle venner og fiender. Flere intriguer og forræderi utspiller seg når noen planlegger å redde verden, mens andre konspirerer for å ødelegge den.
