Å bryte naturens lover er en alvorlig forbrytelse! I et alkemisk rituale som gikk galt, mistet Edward Elric både armen og benet, mens hans bror Alphonse ble redusert til en sjel i en rustning. Med mekaniske "auto-mail"-lemmer blir Edward statlig alkymist, drevet av ett eneste mål: å finne den legendariske Filosoferstenen som kan gjenopprette både hans og brorens kropper. Nå, når Pride har absorbert Gluttonys krefter, ser det ut til at han kan bli en for stor motstander for Ed og hans allierte. Deres eneste håp kan være å få hjelp fra Al og Hohenheim, men kan Ed stole på sin fremmedgjorte far lenge nok til at planen deres skal fungere? Samtidig har Mustang og teamet hans startet sitt angrep i Central City. Men har hærstyrkene et farlig trekk opp i ermet?