Å bryte naturens lover er en alvorlig forbrytelse! I et alkemisk rituale som gikk galt, mistet Edward Elric både arm og bein, mens broren Alphonse ble redusert til intet annet enn en sjel fanget i en rustning. Med mekaniske 'auto-mail'-lemmer blir Edward en statlig alkemist, på jakt etter den ene tingen som kan gjennopprette både hans og brorens legemer... den legendariske Filosofens stein. Hohenheim får endelig sjansen til å stoppe den mystiske homunculus 'faren' som regjerer over Central City. Vil Hohenheims overraskelse være tilstrekkelig for å nedkjempe den mektigste homunculus av dem alle? Og når Kong Bradley gjør en triumferende retur, vil slaget snu i militærets favør...?