Å bryte naturens lover er en alvorlig forbrytelse! I et alkymistisk rituale som gikk galt, mistet Edward Elric både armen og benet, mens hans bror Alphonse ble redusert til en sjel i en rustning. Med sine mekaniske 'auto-mail' lemmer blir Edward en statlig alkymist, og han søker den eneste tingen som kan gjenskape kroppen til seg selv og sin bror... den legendariske Filosoferens Stein. Når alle brikkene nå er samlet, setter homunculus 'far' sin mesterplan i verk mens Edward og de andre ser på i advart frykt. Når støvet endelig har lagt seg, er hele verden blitt omformet. Med hjelp av Hohenheim, iverksetter Elric-brødrene et desperat siste angrep, men er det for sent?
