Bryte naturens lover er en alvorlig forbrytelse! I en alkemisk seremoni som gikk fryktelig galt, mistet Edward Elric både arm og ben, mens hans bror Alphonse ble redusert til en sjel festet til en rustning. Utstyrt med mekaniske "auto-mail" lemmer, blir Edward en statlig alkymist på jakt etter den ene tingen som kan gjenopprette kroppene deres... den legendariske Filosofstein. Hvor ble Alphonse Elric av i de få korte minuttene han ble visket ut av eksistensen, både kropp og sjel? Fra et hemmelig skjulested i byen Dublith kidnapper en gruppe utstøtte Alphonse for å avdekke de alkemiske hemmelighetene bak hans skapelse! Det ligger nå på Ed (og en viss husmor) å begi seg inn i Djevelens rede for å redde broren sin. Men forbryterne i Djevelens rede er ikke nøyaktig menneskelige. Nå må Al kjempe mot en homunculus — en kunstig menneskelig skapning — og gatene i Dublith vil flyte røde av blod...
