Kafka har alltid hatt en drøm om å bli en del av Japan Defense Force, en militærorganisasjon som jobber med å nøytralisere kaiju, de fryktede monstrene som plager landet. Japan har verdens høyeste forekomst av kaiju-angrep, og det er ikke uvanlig at disse dødelige skapningene rammer kystene. Kafka jobber som en ryddearbeider av kaiju-lever, men en uventet forvandling gjør at drømmen hans ser ut til å glippe. Hvordan skal han kunne bekjempe kaiju når han selv har blitt én av dem? I den østlige divisjonen har fem identifiserte klasse-kaiju, skapt av No. 9, samlet seg for å angripe og eliminere de viktigste medlemmene i Defense Force. Denne trusselen innlemmer alle divisjoner i en intens kamp. Før slaget tar til, lover Kafka Kikoru noe betydningsfullt. Hva kan denne lovnaden være?
