I en verden der Japan opplever de høyeste nivåene av kaiju-angrep globalt, veves en spennende fortelling om drømmer, metamorfoser og strid mot gigantiske monstre. Kafka Hibino, en rengjøringsarbeider som har viet livet sitt til å fjerne sporene etter kaiju, har alltid drømt om å bli en del av Japan Defense Force, den militære enheten ansvarlig for å nøytralisere disse dødelige skapningene. Men alt endrer seg når han får en ny sjanse til å realisere barndomsdrømmen. I stedet for å bli en del av forsvaret, opplever Kafka en uventet transformasjon som setter hans drøm i spill. Hvordan skal han bekjempe kaiju nå som han selv er blitt én av dem? På samme tid som Kafka konfronterer Kaiju No. 9, opplever han en merkelig hindring – han klarer ikke å transformere. Heldigvis får han støtte fra kikoru, som tar opp kampen mot den fryktelige kaiju. Samtidig utvikler Kaiju No. 9 seg under kampen med Kaptein Narumi, og presset øker for direktør Shinomiya, som nå må handle for å sikre menneskehetens overlevelse. Will Kafka klare å finne en vei til å oppfylle drømmen sin, eller vil han bli en del av trusselen han alltid har ønsket å bekjempe?
