I den tredje volum av "Kubo Won't Let Me Be Invisible" møter vi Junta Shiraishi, en gutt som er så usynlig at selv klassekameratene hans sjelden legger merke til ham. Med et ønske om å få mest mulig ut av videregående skole, står han ovenfor utfordringene som følger med sin nesten usynlige tilstedeværelse. Men alt endrer seg når Nagisa Kubo, en utadvendt og leken karakter, begynner å ta merket av ham. Hennes humoristiske erting tvinger Shiraishi ut av komfortsonen og åpner døren for et vennskap som kanskje kan utvikle seg til noe mer. Når de to navigerer i forholdet sitt, spesielt i takten av det kommende andre året på videregående, lærer de å stole mer på hverandre—selv når de er syke. En hendelse med Kubos søster, Akina, under en kirsebærblomstringsutflykt truer imidlertid med å skape en sprekk i vennskapet deres. Klarer de to å overvinne utfordringene som dukker opp, eller vil usynligheten til Shiraishi skape avstand mellom dem?
