I den etterlengtede fortsettelsen av den bestselgende serien, presenteres en gripende historie om intriger og tap av uskyld. Ritsuka Aoyagi lever et ensomt liv, der han aldri har funnet sin plass på skolen og er preget av en fragmentert hukommelse fra sin egen fortid. Når hans kjære eldre bror brutalt blir myrdet, er Ritsuka knust av sorg, men fast bestemt på å finne svar. Hans eneste ledetråd er Soubi, en mystisk og sjarmerende universitetsstudent som gir ham en nær forbindelse til brorens skjulte liv – en mørk og pulserende verden fylt med magiske kamper og hemmelige navn. Til tross for at Natsuo og Youji har overført seg til Ritsukas skole for å overvåke ham etter hans brors blodige hjemkomst, klarer en enhet kalt 'Moonless' å isolere Ritsuka for å foreslå et skummelt plan for å sette bror mot bror.
