I 'Mission: Yozakura Family, Vol. 2' følger vi Taiyo Asano, som har levd et liv på egen hånd etter at foreldrene hans døde. Den eneste som virkelig bryr seg om ham, er barndomsvenninnen og klassekameraten Mutsumi Yozakura. Men Mutsumi bærer på en hemmelighet – hun er lederen av en familie av spioner! I tillegg har hun en bror, Kyoichiro, som er ekstremt beskyttende overfor henne. For å hindre Kyoichiro i å ta livet av Taiyo, må de to gå til det ultimate steget – ekteskap! I Yozakura-familien er det nemlig slik at familie ikke kan drepe familie. Situasjonen blir mer komplisert når Mutsumi blir kidnappet av Hanawa, en spion med en eksepsjonell evne innen blomsterkunst. Hele familien blir mobilisert for å redde henne. Etter å ha feilet i sin første kamp mot Hanawa, klarer Taiyo denne gangen å overvinne sine begrensninger? Men ting tar en ny vending når Taiyo blir arrestert av en mystisk detektiv som ser ut til å ha mer informasjon om Yozakura-familien enn han burde ha.
