En episk fortelling om krig og overlevelse satt i det legendariske Gundam-universet! I det universelle år 0079 erklærer romkolonien kjent som Side 3 uavhengighet som Prinsen av Zeon og erklærer krig mot Jorde-federasjonen. Ett år senere er de involvert i en intens kamp om Thunderbolt-sektoren, et romområde preget av vrakrestene etter ødelagte kolonier. Nanyang-alliansens styrker forbereder seg på Operasjon Maitreya, et forsøk på å beslaglegge Republikken Zeons solstrålevåpen. Vrakrestene fra Side 4 Moore-kolonien gir et ideelt treningsmiljø for angrepet, men Io Fleming og Newtype Lily—som pilotere det banebrytende Zeong MS utstyrt med Psycommu-systemet—nærmer seg. Selv om de omfattende søppelfeltene gir utmerket dekning, deployerer alliansen en ny Psycho Zaku-pilot for å motstå Io og Jorde-federasjonens nærmende flåte. Når kampene nærmer seg sammenstøt, vender lyden av jazz igjen tilbake til Thunderbolt-sektoren...
