En episk fortelling om krig og overlevelse satt i det legendariske Gundam-universet! I det universelle året 0079 proklamerer romkolonien kjent som Side 3 uavhengighet og danner Prinsippet av Zeon, som erklærer krig mot Jordføderasjonen. Et år senere er de låst i en intens kamp om Thunderbolt-sektoren, et romområde preget av vrakrester fra ødelagte kolonier. Flyktningene fra Nanyang-alliansen har smuglet seg gjennom Jordføderasjonens orbittboikott og ankommet til Side 6, en nøytral koloni. Betingelsene for at Side 6 skal ta imot flyktningene er strenge - alliansesoldatene må legge ned våpnene og forlate seg selv forsvarsløse. Når en patrulje fra Jordføderasjonen ankommer med mål om å jakte på flyktningene, bryter det ut en voldsom kamp nær kolonien. Nanyang-flåten igangsetter en risikabel operasjon for å nå trygghet. Kampen raser mens Side 6 kjemper for å opprettholde sin nøytralitet i møte med en brutal konflikt som truer med å sluke dem alle.
