For å sette en stopper for Akatsukis regime av smerte, må Narutos lærer, Jiraiya, gå dypt inn i fortiden for å avdekke hemmeligheten bak Pain sin opprinnelse. Samtidig nærmer Sasuke seg den avgjørende kampen mot sin bror, Itachi, i en konfrontasjon som vil avgjøre deres skjebne. I denne intense utviklingen av historien får leserne et dypere innblikk i karakterenes bakgrunn og deres motiver, mens spenningsnivået når nye høyder.